Een precieze oorzaak is tot op heden onduidelijk, wel zijn er vermoedens van een aantal mogelijke oorzaken. Zo wordt er gedacht aan een allergie. Het paard kan dan allergisch zijn voor (een bepaalde) stof, pollen of schitteringen van (zon)licht. Ook gevoeligheid voor vliegen en andere insecten kan een oorzaak zijn. Daarnaast kan het paard een geïrriteerde of overgevoelige zenuw in zijn hoofd hebben, in dit geval gaat het dan om de trigeminale zenuw. Deze zenuw zorgt ervoor dat er het paard gevoel heeft in zijn lippen, neus en het aangezicht. Bij een normale aanraking reageert de zenuw uitzonderlijk hevig, bijvoorbeeld bij een gewone aanraking van het hoofd of wanneer er een vliegje op het hoofd zit.
De symptomen van een paard met het headshaking syndroom zijn dus ten eerste het heftig schudden met het hoofd. Dit kan zowel tijdens het rijden als in het weiland gebeuren. Ook kan het paard jeuk aan zijn neus hebben, de neusvleugels bewegen en het paard schuurt deze langs bepaalde voorwerpen. Ook zijn er paarden die veel proesten en zijn de neusgaten rood en staan wijd open. Tevens kunnen de ogen dik zijn en tranen.
Een behandeling voor het headshaking syndroom hoeft niet altijd effectief te zijn. Het ene paard heeft er wel baat bij, terwijl er bij het andere paard niks veranderd. En natuurlijk is de behandeling afhankelijk van de oorzaak. Een paard met een allergie kan medicatie krijgen en er kan gewerkt worden met een neusnetje of een vliegenmasker, eventueel met UV-werende werking.
Ook bepaalde voeding en voedingssupplementen kunnen een positieve uitwerking hebben.
Wanneer de oorzaak van het headshaking syndroom ligt in de overgevoeligheid van de trigeminale zenuw, kan het paard hieraan behandeld worden.
Vermoed je dat je paard het head shaking syndroom heeft? Raadpleeg dan een dierenarts en noteer hoe ernstig, hoelang en wanneer je paard hier last van heeft. Bijvoorbeeld alleen in bepaalde periodes, alleen wanneer de zon schijnt of altijd. Zo kan er wellicht een patroon herkend worden wanneer het headshaken plaatsvindt.